Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui dan menguji keefektivitasan sistem pengendalian internal yang diterapkan dalam sistem informasi akuntansi siklus penjualan, penerimaan kas dan pengeluaran kas pada Apotek Taman Nahla Balikpapan. Metode dan jenis penelitian yang digunakan dalam penelitian ini adalah Metode kualitatif. Sumber data yang digunakan adalah data umum dan data khusus. Populasi dalam penelitian ini adalah bukti transaksi Apotek Taman Nahla Balikpapan dan diambil sampel sebanyak 60 bukti transaksi dalam 4 bulan transaksi terakhir. Metode pengumpulan data menggunakan observasi, wawancara dan dokumentasi. Analisis data yang digunakan adalah metode attribute sampling dan untuk pengolahan data menggunakan Microsoft Excel. Hasil penelitian menunjukkan bahwa (1) efektivitas sistem pengendalian internal (Y) terhadap siklus penjualan (X1) berjalan dengan efektif, (2) efektivitas sistem pengendalian internal (Y) terhadap penerimaan kas (X2) berjalan efektif, (3) efektivitas sistem pengendalian internal (Y) terhadap pengeluaran kas (X3) berjalan efektif dan (4) dokumen-dokumen yang digunakan cukup lengkap dan memenuhi syarat pengujian pengendalian terhadap penerimaan kas AUPL tidak melebihi persentase DUPL sebesar 5%.